1500- och 1600-talen. Svenska riket gick kraftigt försvagat ut ur det krig som bröt sönder den nordiska unionen åren 1521-23. Inbördeskriget hade illa skadat såväl förvaltningsapparaten som mycket av de fasta anläggningarna i form av borgar och fästningar. Den ö. riksdelen Finland hade drabbats mindre hårt än rikets kärndelar och led därmed också mindre av kung Gustav Eriksson Vasas (Gustav I (Vasa)) hårda tag för att restaurera rikets förvaltning och garantera dess bestånd. I Finland utbröt under Gustav Vasas tid inga egentliga bondeuppror i motsats till i Dalarna och Småland. Orsaken till dessa, den hårda centraliseringen av rikets styre och förvaltning jämte den skärpta skattetungan, gynnade i viss mån Finlandsdelen. Närvaron av en stark krona eller stat var nödvändig för att dels upprätthålla försvaret gentemot Ryssland, dels garantera framgången för en av kronans största satsningar, kolonisationen av de n.ö. delarna av Finland. Med den försköt Sverige i praktiken sin östgräns till att maximalt fylla hela det område som i Nöteborgsfreden 1323 betraktats som gemensamt land för Sverige och Novgorod (Ryssland). Östgränsen fick därmed bebyggelsemässig legitimitet utmed en sträckning som officiellt erkändes i Teusinafreden 1595 och blev Finlands historiska östgräns.
Den först hårdföra, sedan alltmera planerade centraliseringen av rikets styre och förvaltning ledde till att Finland, liksom andra "yttre" delar av riket, inordnades i styret på lika villkor. Systemet reformerades i grund med den stora förvaltningsreformen under Gustav II Adolf och Axel Oxenstierna, då systemet med län och en hierarkiskt ordnad förvaltningsapparat infördes. Många av de speciella särdrag som kännetecknat Finland under medeltiden slipades nu bort och integreringen på djupet i svenskt stats- och samhällsliv blev ett faktum. Det syntes tydligast i inrättandet av hovrätten (hovrätter) och universitetet (Akademin) i Åbo åren 1623 och 1640. Samtidigt som de gav Finlandsdelen en stärkt ställning i riket var de ägnade att kraftigt integrera den ö. riksdelen på den nya starka svenska statens villkor.
Reformationen fick likartade följder för Finland. Även om den hade en klar religiös och teologisk förankring särskilt i de stora städerna i riket, blev dess genomförande också en del av rikets genomgripande förvaltningsmässiga omgestaltning. Den konsekvent uppbyggda lutherska statskyrkan blev kronans och statens starka hand ute i bygderna. Finland inordnades därmed även kyrkomässigt på ett tidigare okänt sätt i en stark stat. Riksdelen fick emellertid samtidigt en ny identitet med lutherdomens betoning av folkspråket. Bibeln och de heliga skrifterna skulle finnas inte bara på svenska, utan även på finska i den på bygdenivå tvåspråkiga staten. Stiftet i Åbo fick huvudansvaret för att garantera det finska gudstjänstlivet. Kyrkomannen och blivande biskopen i Åbo Mikael Agricola blev den som lade grunden för det finska skriftspråket med sin översättning av Nya Testamentet (1548), katekesen och en finsk ABC-bok. Finskan fick från den tiden också en fast ställning som förvaltningsspråk på lokalt plan i Finland. Ett andra biskopssäte grundades dessutom i Viborg 1554. Det går lätt att säga att det är den lutherska kyrkan som integrerat Finland och dess folk i det nordiska kultur- och samhällslivet, samtidigt som den lade grunden för en särskild finsk och finländsk identitet.
Till följd av det ökade hotet från Moskva (Ryssland) hade Finland getts en ökad tyngd i det svenska rikets politik under unionstidens sista decennier. Detta fortsatte under hela 1500-t., även om rikets resursmässiga insatser i Finland växlade kraftigt. De tunga borglägren under det långa kriget mot Ryssland 1570-95 drev fram ett ackumulerat missnöje bland bönderna, vilket fick ett våldsamt utbrott då tronstriderna i Sverige mellan kung Sigismund och Gustav Vasas yngre son hertig Karl (Karl IX) fick karaktären av ett inbördeskrig. De upproriska bönderna från främst Österbotten och inlandsbygderna ställde sig visserligen på hertigens sida, men deras resning, kallad klubbekriget (1596-97), utvecklades till ett veritabelt bondeuppror, riktat mot rikets överhet rent allmänt. Upproret slogs blodigt ned av de kungalojala trupperna. Många av böndernas krav blev dock beaktade när hertig Karl segrade i inbördeskriget.
De långa krigen ändade dock i framgångar. I freden i Teusina 1595 (Teusinafreden) gavs rikets östgräns en sträckning som förde den ö. om Ule träsk upp till Lappland. I Stolbovafreden 1617 erövrade Sverige en stor del av Karelen och Ingermanland, så att en svensk stad, Nyen, kunde anläggas vid Nevafloden.
Därmed var Sveriges framväxt som en stormakt i n. Europa i full gång. När expansionen fram till 1658 gav riket nya provinser runt Östersjön, rubbades ännu inte Finlands ställning i riket. Det var först när de danska och norska erövringarna, Skåneland och Bohuslän, inlemmades i själva riket som Finlands tyngd i riket som helhet försvagades. Sveriges ekonomiska tyngdpunkt försköts västerut och söderut med tillkomsten av handelsstaden Göteborg, samtidigt som flottan flyttades till den nyanlagda örlogsbasen Karlskrona i Blekinge.
När den svenska stormaktens ödestimma sedan slog i stora nordiska kriget 1700-21 blev det den ö. riksdelen som drabbades hårdast. Finland ända upp till n. Österbotten ockuperades av ryska trupper 1713-21, och 30 000 flyktingar sökte sig till det centrala Sverige. I freden återfick Sverige Finland men till ett högt pris: största delen av Karelen med staden Viborg avträddes till Ryssland. Ett ännu större hot mot Finland på längre sikt blev tsar Peter den stores beslut att 1703 anlägga en ny rysk huvudstad, S:t Petersburg, på nästan samma plats vid Nevafloden där Nyen legat. Finlands säkerhetspolitiska läge blev på ett helt annat sätt ständigt utsatt efter detta. Se även Nystadsfreden.
Den finska riksdelens ekonomi var starkt eftersatt under hela 1500-t., trots kronans kraftiga stöd till den savolaxiska kolonisationen av ödemarkerna i n. Huvudorsaken var de många och långa krigen mot Ryssland, och det går också att se stödet till kolonisationen som en del av krigföringen.
Så uppenbar var den ekonomiska stagnationen i Finland att kronan tog till extraordinära åtgärder för att vända utvecklingen. Den mest spektakulära var utnämningen av greve Per Brahe till generalguvernör i Finland 1637 -40 och 1648-54, med uppgift att lyfta landets ekonomi. Bristen på utbildat folk skulle åtgärdas med hjälp av en ny Akademi i Åbo (1640). Per Brahe såg särskilt avsaknaden av städer för organiserad handel som den stora bristen. Genom hans försorg grundades hela tio städer, samtidigt som de gamla gavs bättre verksamhetsförutsättningar. De ofta i största hast genomdrivna reformerna tjänade inte alltid det avsedda syftet, men grunden var i varje fall lagd för den sedermera så starka handelsjöfarten i Bottniska viken.
Den långa fredsperioden i själva Finland under 1600-t. gynnade jordbrukets utveckling, där särskilt tjärbränningen begynte ta form som en viktig binäring. Ryggraden i svensk ekonomi, järnhanteringen, utsträcktes även österut i riket med anläggningen av ett antal järnbruk i s.v. Finland. Udden av den goda utvecklingen bröts emellertid tvärt av genom hungeråren 1696-97, en av de största hungerkatastroferna i Europas historia. Närmare en tredjedel av befolkningen beräknas ha dött som en följd av katastrofen. På den följde sedan stora nordiska krigets och stora ofredens prövningar 1700-21, som i ett slag förde Finlands ekonomi ner till en nivå som liknar den under landets första sekler i svenska riket på medeltiden (Henry Rask)
Titelbladet till Mikael Agricolas finska översättning av Nya Testamentet. Genom sina skrifter lade Agricola en fast grund för reformationen i Finland och skapade samtidigt ett finskt skriftspråk. Foto: Museiverket.